Semaine du 8 novembre 1999

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Le calculateur de la génétique

(ASP) - Le décodage fulgurant de notre bagage génétique, et de celui d'une foule de bestioles, n'engendre pas seulement de l'emploi du côté des généticiens: il oblige une foule d'informaticiens et de mathématiciens à tenter de mettre au point des méthodes de plus en plus efficaces pour décoder de plus en plus vite des données de plus en plus imposantes. Et pas seulement des gènes sagement alignés: des protéines issues de ces gènes, qui apparaissent dans les tableaux à un rythme tel qu'on ne sait plus quoi en faire; il faut analyser ces protéines, les faire interagir, en faire disparaître une pour voir ce qui se passe chez l'autre, etc.: une série d'opérations qui, multipliée par des dizaines de milliers de gènes, conduit à un nombre de combinaisons à côté desquelles la loterie est un jeu d'enfants.

Pour tenter de répondre à la demande de chercheurs débordés, trois groupes viennent, chacun de leur côté, dans Science et Nature, de lancer un nouvel algorithme, autrement dit, une méthode de calcul capable, en théorie, de prédire le rôle d'une protéine sur la base de certaines de ses propriétés.

L'idée à la base est simple: à partir de ce qu'on sait déjà des gènes, des protéines et de leurs interactions, déduire pour telle et telle nouvelle-venue quel sera son comportement. Dans un cas, il s'agit de classer les protéines par familles en fonction de leurs rôles, plutôt que par les séquences des gènes auxquels elles sont rattachées: un article paru dans Nature décrit comment pas moins de 93 000 liens entre des paires de protéines de la bactérie connue sous le nom charmant de levure de bière ont ainsi été découverts.

Si vous n'avez pas compris tout ce qui précède, ne vous en faites pas: les chercheurs eux-mêmes ne sont pas encore sûr que ça va fonctionner à tout coup. Mais en attendant, ils ont l'impression d'avoir obtenu un plan pour progresser un peu plus vite dans le labyrinthe génétique.

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