Génome du riz:
un petit goût québécois
(Agence Science-Presse) - Le décodage
du génome du riz possède une saveur québécoise.
Un laboratoire de Montréal s'est investi dans ce
projet international, l'un des plus importants dans le
domaine. "Aucun autre laboratoire au Canada ne possède
l'expertise que nous pouvons offrir", affirme Thomas Bureau,
bio-informaticien à l'Université McGill.
Aliment nourricier de notre planète,
le riz figure au menu de milliards de personnes. Il est
présent dans l'assiette des Japonais –le Japon
est évidemment le principal contributeur du Projet
international de séquençage du génome
du riz, avec une dépense de 100 millions de
dollars US, soit 55% du génome– des Chinois,
des Indiens, des Coréens (trois des dix participants
majeurs) et autres citoyens d'Asie. Il est également
consommé en grande quantité en Europe (Espagne,
France, Grande-Bretagne) et en Amérique du Sud.
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Du côté de la recherche, le riz offre
un modèle pour l'étude d'autres céréales
comme le blé et l'orge, ou encore le maïs.
C'est pourquoi, par certains aspects, le décodage
du génome du riz dépasse en importance
le décodage du génome humain.
Le Pr Thomas Bureau oeuvre depuis dix ans comme
professeur associé au département
de biologie de l'Université McGill. Le bio-informaticien
porte un intérêt élevé
pour la recherche sur le riz en tant que système
modèle. Co-signataire de ce décodage
du génome du riz paru cet été
dans la revue britannique Nature, son laboratoire
est le seul au Canada à avoir participé
à cette aventure.
Le travail de son équipe, c'est l'analyse
de la séquence d'informations génétiques.
Probablement l'une des parties les plus difficiles
du projet car il faut tenter de déterminer
l'identité et la place des gènes et
des autres entités génomiques.
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Sur
le décodage du génome du riz, lire:
Génome
du riz: la défaite du privé (15
août)
Pour
en savoir plus:
Le
site officiel du Projet
international de séquençage du génome
du riz
Laboratoire
de bioinformatique de l'Université McGill
Sur
l'Arabidopsis
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"Nous n'avons pas touché au séquençage.
Notre tâche principale a été de trouver
au sein du génome ce que l'on nomme les "transposons"
ou gènes sauteurs qui forment un large pourcentage
du génome du riz, soit environ 35 %". Avec
l'espoir que l'analyse des genres et des caractéristiques
des "transposons" fournisse plus d'informations sur la
variation des génomes, spécialement l'évolution
des gènes. Au sein du laboratoire, deux étudiants
au doctorat, Nikoleta Juretic et Douglas Hoen, se sont
attelés à ce travail de moine.
Le laboratoire montréalais a même
travaillé à la recherche de financement
du projet en déposant un dossier auprès
de Génome Québec... qui n'a pas accordé
de fonds ! "Financer le projet s'est avéré
compliqué et nous avons dû utiliser des fonds
qui proviennent de l'ACDI (Agence canadienne de développement
international) et du CRSNG", dit le Pr Bureau.
L'Arabidopsis aussi
Ce laboratoire de Montréal était
aussi le seul canadien dans un autre projet majeur, le
décodage du Arabidopsis thaliana, réalisé
en 2000 et également publié dans le journal
Nature. L'Arabidopsis est un membre de la famille
de la moutarde (Brassicaceae)qui compte différentes
espèces cultivées comme le colza, le chou
et le radis. Cette plante à fleur n'a pas d'importance
majeure en agronomie mais elle offre d'indéniables
qualités pour la recherche en génétique
et en biologie moléculaire. "Au même titre
que le riz est un important système modèle
pour les autres céréales, comme le blé
et l'orge, l'Arabidopsis est un important modèle
pour les espèces Brassica, dont le canola".
Actuellement, le riz et l'Arabidopsis sont
les deux seules plantes dont les génomes sont complètement
séquencés. Grâce à cela, le
Québec devient un leader dans les domaines de la
bio-informatique et de la génomique des plantes.
"C'est un contributeur majeur et le seul membre authentique
des consortiums internationaux participants à ces
importantes publications", soutient Thomas Bureau.
