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Des protéines et des physiciens : la science en marche
Il est toujours exaltant de se retrouver à une petite conférence
(appelée généralement « atelier ») comptant une vingtaine de personnes
et de penser qu'une fraction importante des spécialistes sur le sujet
s'y trouvent rassemblés. On peut bien sûr voir cette situation comme
une démonstration de la fragmentation à l'extrême de la science
contemporaine. Comme participant, par contre, on a chaque fois
l'impression d'assister à l'Histoire en marche (oui, avec un grand
« H »). Souvent, les progrès sont lents, montrant la
difficulté du problème. Plus rarement, on a la chance de vivre un bond
en avant, dans la compréhension d'une question ou dans le développement
de nouvelles méthodes, apportant un éclairage différent. Chaque
atelier est différent, mais les grands restent longtemps gravés en
mémoire.
Ce sera certainement le cas pour celui auquel j'ai participé la semaine
dernière, à la Barbade, et dont j'ai déjà parlé dans mes deux billets
précédents. Il n'y eut pas d'annonces fracassantes ou de problèmes
vraiment résolus. Non. L'étude de la flexibilité des protéines, qui
nous permettra de mieux comprendre leur fonctionnement dans les
organismes vivants et, peut-être, de combattre des maladies grandes et
petites, est difficile et les progrès ne se feront que par petits
pas. Ce qui marqua cette rencontre fut la création, sur une
période de 6 jours, d'un premier vrai dialogue entre des acteurs venant
de disciplines diverses, toutes intéressées par certaines facettes du
problème. Croyez-moi, il n'est pas facile d'établir une vraie
communication entre un physicien et une mathématicienne ou entre une
informaticienne et un biochimiste. C'est que chaque discipline a sa
façon de poser et de résoudre les problèmes. Les mêmes mots s'utilisent
dans des contextes différents et il fallut souvent plusieurs heures
avant que tout le groupe puisse s'entendre sur l'énoncé d'une question.
Ainsi donc, pour les mathématiciens et les informaticiens, les
mouvements d'une protéine se rapprochent de ceux des robots. La
robotique, une science apparue il y a une quarantaine d'années,
pourrait donc avoir quelque chose à dire au sujet du fonctionnement des
cellules. Quant aux physiciens, ils voient dans la lenteur de ces mêmes
protéines des échos des verres — des liquides gelés dont on cherche
encore à comprendre la nature profonde — et des polymères, qui
composent les plastiques qui nous entourent.
La semaine dernière, nous avons donc confronté ces différentes visions,
avec toujours un ou une biochimiste prêt à nous rappeler à l'ordre
lorsque nous nous égarions dans des analogies trop poussées. Nous avons
ainsi découvert que certains algorithmes prometteurs avaient un besoin
pressant des mathématiciens afin d'établir une base solide, par le
développement d'un certain nombre de théorèmes en géométrie. Sans
ceux-ci, il serait impossible de savoir si les algorithmes fonctionnent
vraiment tel qu'on le soupçonne et offrent vraiment un premier pas
important dans l'étude de la flexibilité des protéines.
De même, les informaticiens ont réquisitionné une série de problèmes
modèles aux biochimistes afin de tester des algorithmes qui semblent
rapides sur papier mais qui pourraient trébucher sur certaines
particularités de ces molécules sélectionnées avec soin par
l'évolution. La comparaison de ces nouveaux algorithmes avec ceux déjà
utilisés, souvent de manière plus ad hoc par les physiciens et les
biochimistes, nous permettra de savoir si les percées récentes en
géométrie algébrique se transposent ou non en gain important pour notre
compréhension du comportement des biomolécules.
Le travail ne se termine évidemment pas avec l'atelier. Les discussions
se poursuivront. Certaines, sur quelques mois, d'autres, durant
plusieurs années. Quoiqu'il arrive, tout le monde y gagnera. C'est
aussi ça la beauté de la science : contrairement à ce que raconte
la théorie économique néolibérale, l'échange d'information ne fait
généralement que des gagnants. Peut-être est-ce que contrairement au
monde économique actuel, les scientifiques n'ont pas encore élevé
l'appât du gain au-dessus du plaisir de la connaissance et du partage?
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