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semaine du 20 mars 2000

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Le Québec sur la piste des gènes

(ASP) - La génétique, et plus particulièrement son petit cousin, la génomique, ont trouvé deux précieux alliés : Paul Martin et Bernard Landry ! Après le budget fédéral qui allouait 160 millions$ à Génome Canada, le gouvernement québécois ajoutait dans son budget, déposé à la mi-mars, quelques dizaines de millions $ pour Génome Québec, l'un des cinq futurs centres de la structure pan-canadienne.

Dans les deux cas, il s'agit d'argent neuf, destiné à mettre au monde chez nous cette science qui étudie les groupes de gènes de tout être vivant, et qui repose sur des instruments coûteux, capables de traiter les tonnes de données contenues dans un code génétique.

"C'est carrément une subvention au démarrage de l'organisme sans but lucratif Génome Canada, se réjouit son porte-parole, Martin Godbout. Nous allons maintenant financer quelques grands projets de recherche fondamentale, fournir un équipement de pointe et offrir du temps d'utilisation à tous les chercheurs."

Un grand projet sera retenu pour chacune des cinq régions canadiennes. La proposition du Québec risque d'être un modèle du genre. Non seulement parce que, depuis le dépôt du budget Landry, elle bénéficie de l'appui du gouvernement, mais aussi parce que ses artisans travaillent sur une proposition unique pour tout le Québec. Sous un chapeau intégrateur, les équipes déjà en place dans les universités se partageraient en effet le terrain. "Il pourrait y avoir une dizaine de thèmes de recherche", selon Thomas Hudson, spécialiste de la génomique à l'Université McGill.

"L'appel des projets sera lancé dans l'ensemble du Canada d'ici la mi-mai, reprend Martin Godbout. Et nous espérons qu'au moins deux, peut-être trois centres, seront fonctionnels à cette date-ci l'an prochain." On estime que chaque centre aura besoin de 20 millions $ par an. En plus des subventions, chaque centre alimenterait son budget en "louant" ses instruments au secteur privé.


La loi des grands nombres

Jusqu'à maintenant, la génomique a fait peu de percées au Québec et au Canada. Et pour cause. Alors qu'un chercheur ayant recours à des expériences in vivo (sur des animaux par exemple) ou in vitro (sur des cellules) peut se contenter de travailler dans son laboratoire avec un budget modeste, celui qui veut se lancer en génomique a besoin d'instruments hors de prix. On dit de lui qu'il a recours à l'in silico (comme dans silicium) parce que l'informatique est au cur de ses procédés. D'où l'importance de la mise en commun que propose Génome Canada: " il était impensable que, sur un même campus, les départements de médecine, de biochimie et d'agriculture s'équipent chacun d'un séquenceur de gènes ou d'un supercalculateur ! ", plaide Martin Godbout.

Car la génomique jongle avec les millions... mais pas ceux des budgets. Il faut d'abord se rappeler que chaque cellule du corps humain comporte quelque 100 000 gènes, ces segments d'ADN qui contiennent l'information définissant un être vivant. Chaque segment est constitué d'une multitude de bases (qui peuvent prendre quatre formes, définies par les lettres G, C, T et A) : on en compte au moins trois milliards chez l'humain. Pour augmenter encore les possibilités mathématiques, un même gène comporte, d'un individu à l'autre, d'infimes variations dans l'ordre et le nombre de bases (c'est le polymorphisme). Enfin, plusieurs maladies complexes, comme le cancer, font probablement intervenir plusieurs gènes.

La première tâche à laquelle la génomique s'est attelée depuis plus de dix ans est le séquençage des génomes de diverses espèces. En réalisant celui de l'humain -c'est ce qu'on appelle le projet Génome humain- les savants japonais, américains et européens dressent donc la liste de nos 100 000 gènes. Cette partie du travail sera complétée d'ici un an.

Mais on ne saura pas pour autant à quoi servent tous ces gènes. Pour cela, il faut isoler chaque séquence et comprendre comment elle agit sur un nombre significatif de personnes: c'est la seconde étape de l'aventure. Et c'est là que que le Canada entre en scène.
Souvent, la compréhension de l'action d'un gène passe par l'étude de populations apparentées. On cherche si une "erreur" d'un gène s'est transmise dans une population. Au Québec, la colonisation par un nombre restreint de gens, le relatif isolement ainsi que l'existence de très grandes familles, offrent à la génomique un bassin intéressant. Terre-Neuve, avec sa population fondatrice d'Irlandais, et les Prairies, avec les Ukrainiens, présentent des conditions semblables.


Quel cancer du sein ?

Toute cette recherche débouchera nécessairement sur des applications concrètes. Déjà, certaines découvertes ont entraîné la commercialisation de trousses diagnostiques. Mais la principale conséquence est une révolution dans la façon de soigner l'humain : l'avènement de la pharmacogénomique. Finie, par exemple, l'étiquette large de "cancer du sein" et son remède universel, le Taxol, que l'on savait pourtant inefficace chez beaucoup de gens. On vient de démontrer que plusieurs femmes ne répondant pas au Taxol sont porteuses de deux gènes particuliers : BRCA-1 et BRCA-2. Ces porteuses forment 6,5% des femmes atteintes de cancer. "Il appartient maintenant aux compagnies pharmaceutiques de développer un médicament spécifique à ce type de cancer du sein", explique Martin Godbout.

Evidemment, offrir un médicament à une si petite tranche de la population risque de rendre le traitement peu rentable. C'est là qu'encore une fois, les outils de la génomique entrent en jeu. Si tester un médicament sur quelques générations de souris peut demander des années, et sur des tissus in vitro, des mois, l'in silico se fait en millièmes de secondes ! On pourrait par exemple, en théorie, reproduire sur biopuce, le profil génétique d'une femme atteinte d'un cancer, et tester plusieurs milliers de médicaments en un temps record.

Pour le moment certes, la révolution n'est qu'annoncée Cependant, avec des outils tels que les séquenceurs, les supercalculateurs et les biopuces, les centres comme Génome Québec deviendront de véritables pépinières d'entreprises du domaine pharmacologique, puisqu'ils généreront à la fois les connaissances, le personnel correctement formé... et les applications commerciales.

Louise Desautels

(23 mars)

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