Des chercheurs du Translational Genomics Research Institute (TGen) aux États-Unis et de l'université technique du Danemark (DTU) ont utilisé le séquençage sur l'ensemble du génome, ce qui leur a permis d'élucider des millions de bases chimiques d'ADN. L'équipe suggère que les médiateurs internationaux ayant voyagé du Népal en Haïti en 2010 pour assister les victimes du séisme dévastateur qui a touché l'île seraient la source de l'épidémie.
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Ils ont comparé l'ADN de 24 échantillons de choléra (de la bactérie Vibrio cholerae) de 5 districts différents au Népal avec 10 échantillons de choléra d'Haïti. Selon l'équipe, les 24 échantillons du Népal correspondent à ceux d'Haïti. Le rapport établit que certains des échantillons «étaient pratiquement identiques». Les chercheurs mettent en avant quelques suggestions pour éviter toute future épidémie de choléra lorsque les forces d'assistance se déplacent du bout du monde aux régions en danger.
«La forte similitude du choléra haïtien avec celui du Népal est basée sur les méthodes de résolution d'ADN actuellement disponibles, et indiquerait une source probable de cette épidémie dévastatrice», explique le Dr Paul Keim, responsable de la division de génomique pathogénique du TGen et biologiste moléculaire en chef de l'étude. Le Dr Keim, également professeur à la Northern Arizona University (NAU) aux États-Unis, a assisté le FBI a retrouvé la source dans l'affaire des lettres à l'anthrax en 2001, qui avait empoisonné 5 personnes. Le Dr Keim et ses collègues ont utilisé des techniques de traçage pour étudier l'épidémie de choléra à Haïti.
Les scientifiques font remarquer comment les méthodes avaient été améliorées au cours de l'enquête, ce qui a permis de réduire les coûts du séquençage génomique. Ainsi, les chercheurs ont pu utiliser cette puissante technologie et l'utiliser dans les questions de santé publique.
Le Dr Keim supervisait les collaborateurs du TGen à l'Institut national sur l'alimentation au Danemark et ceux du Laboratoire national de la santé publique du Népal.
Commentant les résultats, le Dr Frank M. Aarestrup de l'Institut national danois sur l'alimentation, également chef de l'unité d'épidémiologie moléculaire et de la résistance antimicrobienne et du Centre pour la résistance antimicrobienne parmi les pathogènes d'origine alimentaire de l'OMS et du Laboratoire de référence sur la résistance antimicrobienne de l'UE, explique: «L'étude souligne la rapidité de transmission mondiale des maladies infectieuses par les voyages internationaux, et comment les représentants officiels de santé publique devraient utiliser des outils moléculaires sophistiqués, en plus d'analyses épidémiologiques standard pour déterminer de manière rapide et avec précision les sources d'épidémie.»
Le co-auteur de l'étude, le professeur Lance Price de TGen ajoute qu'en trouvant la source de l'épidémie de choléra d'Haïti, toute future épidémie pourrait être évitée.
«Cet effort approuve la puissance des outils moléculaires sophistiqués pour l'étude des futures épidémies de cette nature», commente le Pr Price. «Le nouvel objectif est de trouver des moyens de prévenir de telles éruptions, par exemple en réalisant un dépistage avant les missions. Cette étude ne sert pas à blâmer qui que ce soit, mais plutôt à éviter que de telles catastrophes ne se répètent à l'avenir.»
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Source: ASM | Population Genetics of Vibrio cholerae from Nepal in 2010: Evidence on the Origin of the Haitian Outbreak
