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Science sur wiki: les hauts et les bas
(Agence Science-Presse) Les récents progrès en génétique nous ont apporté une quantité astronomique d’informations sur l’organisation du monde vivant. Comment gérer cette surabondance de données? Le wiki constitue peut-être une solution.
Wikiomique
Nature proposait en septembre 2008 (accès réservé aux abonnés) le terme « wikiomique » pour désigner ces essais et erreurs actuellement en cours, à la frontière du wiki et de la génomique : GeneWiki, PDBWiki (pour Protein Data Bank), ProteoPedia, WikiGenes, WikiPathways... Tous des wikis apparus entre 2006 et 2008, où les articles annotés et amendés de Wikipédia deviennent des gènes ou des protéines...
« C’est une expérience », reconnaissait dans Nature Alexander Pico, ingénieur informaticien à l’Université de Californie et co-créateur de WikiPathways en janvier 2007. Le plus épineux de ses problèmes n’est d’ailleurs pas technologique, mais humain... (P.L.)
Le wiki, dont la manifestation la plus connue est la célèbre encyclopédie libre Wikipédia, est un peu comme une toile d’araignée qui relie les informations entre elles. Il permet donc à l’utilisateur de naviguer (avec plus ou moins d’aisance, selon le cas) sur cette infrastructure aux multiples ramifications.
De Wikipédia à Ecoliwiki (un wiki entièrement consacré à... la bactérie E. coli!), il y a certes une marge, mais le principe de base demeure le même : quiconque possède des informations pertinentes (moyennant une inscription) peut contribuer à mettre un peu d’ordre dans cette surabondance d’information.
Que nous offre ecoliwiki.net ? Beaucoup de choses. En premier lieu, on peut rechercher soi-même son gène préféré, ce qui nous amène au premier écueil du site : la nomenclature. Cette dernière n’est pas familière, mais plutôt ultra-spécialisée, basée sur les normes du HGNC (Human Genome Organisation Gene Nomenclature Committee). Déjà, on se rend compte que le site n’est pas destiné à un large public.
Cependant, cette situation est contrebalancée par la «quickview», qui est la première fenêtre à laquelle on a accès après avoir entré le nom du gène. Il s’agit d’un aperçu des informations de base sur le gène. Cette façon de procéder a l’avantage de ne pas décourager le néophyte d’E.coli. Si toutefois vous êtes au post-doctorat, alors vous pouvez vous en donner à cœur joie. Au menu : tout ce qui a été répertorié à ce jour sur le gène en question !
Ça peut être long, car son ADN comprend 4,6 millions de paires de bases et code environ 4200 protéines!
L’initiative wiki est donc une avenue prometteuse pour la gestion de ce type d’information scientifique, mais ce système n’est pas parfait. En effet, le wiki doit également faire face à un défi de taille : concilier le principe voulant que tous les auteurs soient tous égaux avec l'ego de ces mêmes auteurs. Ce n’est pas un problème pour le wiki consacré à E.coli, mais c’est une autre histoire pour comme Wikigenes.
En effet, sur ce dernier, pratiquement chaque bribe d’information est associé à son auteur. De plus, les membres peuvent leur attribuer une cote (de une à cinq étoiles).
Les créateurs rétorqueront que le fait d’évaluer les auteurs rend wikigenes plus crédible. Or, selon ce qu’a déjà dit le co-fondateur de Wikipédia Larry Sanger, le principe du wiki stipule qu’aucun auteur n’est supérieur aux autres, qu’il n’y a pas de droits de propriété sur un article, bref, qu’on évite de s’enfoncer dans le prestige associé à une publication scientifique traditionnelle. Comment la communauté scientifique résoudra-t-elle ce dilemme?
David Massé
Sept wikis en génétique:
EcoliWiki
Gene Wiki
PDBWiki
Proteopedia
TopSan
WikiGenes
WikiPathways
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