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D’un côté, un débat sur la légitimité d’avoir des commentaires au bas des articles de vulgarisation. De l’autre, un besoin de réformer le mode de publication des recherches scientifiques. Les deux réflexions viennent de se télescoper, à travers une initiative conjointe des deux plus importants organismes subventionnant la recherche.

«Un système qui permet aux chercheurs de partager leurs opinions sur des publications scientifiques», commence la présentation du système en question, PubMed Commons , lancé officiellement le 22 octobre.

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Les penseurs du domaine appellent cela un «système de révision par les pairs post-publication». En termes simples, c’est la possibilité de commenter un article scientifique, une fois qu’il a été mis en ligne.

PubMed Commons est encore à l’état de projet-pilote, et seuls les récipiendaires de subventions du NIH américain ou du Wellcome Trust britannique peuvent s’y inscrire. Mais les 23 millions d’articles contenus dans la base de données PubMed sont concernés: quiconque aura accès à PubMed Commons pourra commenter n’importe quel de ces articles. Et être prévenu chaque fois qu'un commentaire est ajouté sur l'un des articles qui l'intéresse.

C’est une petite révolution dont se réjouit le biologiste Michael Eisen, parce que ça rejoint l’un des voeux de ce défenseur de longue date de l’accès libre: que la recherche scientifique sorte du modèle, forgé au 20e siècle, par lequel la valeur d’une recherche n’est mesurée que par sa publication dans une revue, après une révision par un groupe anonyme de pairs.

J’ai souvent allégué que la meilleure façon de changer cela est de développer un système robuste de révision par les pairs post-publication, dans lequel les travaux sont évalués en continu, après qu’ils aient été publiés, de manière à ce que des failles puissent être identifiées et corrigées, et qu’ainsi, la plus grande valeur soit réservée aux travaux qui résistent au passage du temps.

Jusqu’ici, les seuls «commentaires post-publication» auxquels pouvait avoir droit une recherche, étaient sous la forme des «lettres» que le rédacteur en chef de Nature ou de Science, par exemple, choisissait ou non de publier, des semaines ou des mois plus tard. «Un système démodé et inadéquat», commente sur son blogue le psychologue clinicien James Coyne.

Par contre, il ne faut pas s’attendre à ce que les commentaires de PubMed Commons soient ouverts à tous : au terme de la phase expérimentale, ça restera probablement limité à ceux qui ont un article dans la base de données PubMed. À ce sujet, apparemment dans le but de rassurer les chercheurs qui seraient tentés de faire un lien avec le problème des trolls dans les commentaires des sites de vulgarisation, un des créateurs de PubMed Commons, Rob Tibshirani, de l’Université Stanford, a tenu à faire une mise au point:

Certains souhaiteraient que le système soit aussi inclusif que possible, mais plusieurs scientifiques ne seraient pas intéressés à publier des commentaires dans un système présentant une proportion élevée de commentaires déplacés ou mal informés.

Les commentaires anonymes ne seront pas autorisés non plus, du moins pour l’instant. Une décision contestable, selon les blogueurs de Retraction Watch , pour qui cela pourrait limiter les ardeurs de scientifiques critiques d’une recherche, mais craintifs de la réaction d’un scientifique plus «senior» qu’eux.

Ce n’est pas la première fois qu’un tel système est testé —l’éditeur scientifique en accès libre Public Library of Science a ouvert la porte aux commentaires en 2006. Mais c’est la première fois que ça peut se faire dans un lieu aussi central que PubMed.

Michael Eisen conclut par un avis prudent :

C’est une excellente occasion pour faire de la révision par les pairs post-publication une réalité. Mais ça va fonctionner seulement si les gens y participent.

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