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Pré-humains: c'est compliqué, mais pourquoi s’en étonner?

Agence Science-Presse, le 10 décembre 2013, 10h01

(Agence Science-Presse) Au tournant des années 2000, l’idée de pouvoir séquencer les gènes d’un homme du Néandertal —40 000 ans—relevait de la science-fiction. Aujourd’hui, alors qu’on vient de publier l’analyse des gènes d’un homme de 400 000 ans, on s’étonne que ça complexifie l’arbre généalogique.

Squelette originaire de cette même caverne d'Espagne, vieux de 400 000 ans. (source: Nature)
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Squelette originaire de cette même caverne d'Espagne, vieux de 400 000 ans. (source: Nature) Pré-humains: c'est compliqué, mais pourquoi s’en étonner?

1997: Svante Pääbo et ses collègues de l’Institut Max-Planck publient le premier brouillon d’une séquence d’ADN d’un homme du Néandertal vieux de 40 000 ans

2006: Une équipe franco-belge obtient un fragment d’ADN néandertalien vieux de 100 000 ans. Cette publication a conservé le record du plus ancien ADN humain jusqu’à la semaine dernière.

2009: Une équipe formée entre autres de Pääbo et Matthias Meyer annonce avoir complété le génome du Néandertalien. Elle y confirme la présence d’un peu d’ADN néandertalien en nous: les plus récentes «rencontres» entre Homo sapiens et Néandertaliens sont estimées à 50 000 ans.

2010: Une équipe russo-allemande dévoile un génome estimé à 40 000 ans, dévoilant une lignée inconnue jusqu'ici, à partir de l’os d’un doigt retrouvé dans une caverne de Sibérie appelée Denisova. Le nom Dénisovien en tire son origine.

«L’ADN d’un hominidé déconcerte les experts», titre le reportage de Nature. «La découverte ajoute de nouveaux mystères», commence l’article du New York Times. Remet en question les acquis «sur la distribution géographique de nos anciens cousins», résume le National Geographic.

Or, considérant que certains cousins «pré-humains» sont en mouvement depuis qu’ils ont quitté l’Afrique il y a au moins un million d’années, il ne faut pas s’étonner que tout au long de ce temps, des populations qui s’étaient perdues de vue se soient croisées et que des gènes «étrangers» se soient mélangés.

Commentant la nouvelle étude, l’anthropologue John Hawks souligne combien l’habitude prise depus l’école de dessiner des lignes droites —de telle lignée aujourd'hui éteinte d'Homo à telle autre— est périmée.

Les cinq dernières années ont rendu clair que les deux groupes —les paléontologues qui dessinent des lignes droites entre populations divergentes de fossiles et les généticiens qui dessinent des lignes droites— ont tort.

Même l’épithète de «pré-humain» n’aura peut-être plus lieu d’être, si cette plongée dans notre passé génétique se poursuit. En biologie, on définit une espèce par le fait que deux individus, même d’apparence différente, puissent se reproduire entre eux. Si, comme la génétique l’a révélé ces dernières années, nous portons tous des gènes Néandertaliens, alors Homo sapiens et Homo Neandertalis appartiennent à une même espèce. Deux branches, ou deux familles, qui s’étaient vraisemblablement séparées il y a 500 000 ans, et qui se sont rencontrées dans les 60 000 dernières années, quelque part entre l’Europe et la Sibérie.

Et qu’en est-il de l’épithète de «pré-humain» pour cet individu de 400 000 ans, qu’on ne sait trop dans quelle famille classer? Espèce différente ou non?

Dans l’édition du 4 décembre de la revue Nature, une équipe internationale décrit l’ADN mitochondrial vieux de 400 000 ans —le précédent record était de 300 000 ans— qu’elle a récupéré dans l’os d’un fémur découvert dans une caverne en Espagne. Cet os, sur la foi de son apparence —et des autres fossiles trouvés dans cette caverne depuis les années 1970— avait été attribué jusqu’ici à un ancêtre des Néandertaliens. Or, son ADN mitochondrial —transmis uniquement par la branche maternelle— révèle un historique plus complexe: il ressemble beaucoup plus à un Dénisovien, cette branche dont le seul ADN séquencé appartient à un individu ayant vécu 300 000 ans plus tard... et à 6500km de l’Espagne, en Sibérie.

La famille des Dénisoviens couvrait-elle un aussi large territoire? Ou bien les Néandertaliens et les Dénisoviens seraient-ils des descendants d’une «famille occidentale» dont cet individu serait un représentant?

Et qu’en est-il de cette «famille inconnue» qui n’est pas mentionnée dans la recherche, mais à laquelle certains journalistes ont fait allusion: les généticiens tenteraient apparemment de confirmer l’existence, dans cet ADN, de séquences génétiques appartenant à une famille humaine inconnue jusqu’ici. S’agirait-il de la portion occidentale des pré-Dénisoviens? De l’Homo erectus, le «pré-humain» sorti d’Afrique des centaines de milliers d’années avant tous les autres? Depuis la semaine dernière, tous ces scénarios et bien d’autres ont été soupesés —mais aucun n’aura la moindre vraisemblance tant qu’on n’aura pas séquencé beaucoup d’autres ADN aussi anciens.

Il ne faut pas perdre de vue, rappelle John Hawks, que nous commençons à peine à investiguer le territoire de l’ADN ancien.

Les découvertes de Denisova ont rendu clair que d’autres populations existaient au-delà de l’horizon de visibilité de nos preuves archéologiques et fossiles... Le fait est que nous ne savons pratiquement rien de la morphologie des hominidés d’Asie de l’ouest ou d’Asie centrale d’il y a 300 000 ans.

Sans compter que des séquences d’ADN ont été perdues au fil des âges, à mesure que des lignées s’éteignaient.

«Pour l’instant, nous avons avant tout engendré un gros point d’interrogation», a résumé en conférence de presse le co-auteur de l’étude, Matthias Meyer, généticien à l’Institut Max-Planck d’anthropologie de l’évolution, en Allemagne. Meyer faisait aussi partie de l’équipe qui a séquencé en 2010 le génome du Dénisovien retrouvé à 6500km de là.