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La génétique des allers et retours préhistoriques

Agence Science-Presse, le 14 mars 2016, 20h36

(Agence Science-Presse) 430 000 ans d’histoire : «nous atteignons les limites de ce qui est possible», déclare un expert en décodage de gènes anciens. Au point où l’équipe dont il fait partie, qui a présenté lundi ses résultats en grandes pompes, n’a pu mettre la main que sur 0,1% du génome de ces pré-humains.

Un des 28 individus de la caverne Sima de los Huesos, en Espagne.
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Un des 28 individus de la caverne Sima de los Huesos, en Espagne.

En gros...

765 000 ans : avec cette nouvelle analyse, date supposée du dernier ancêtre commun aux Néandertaliens, aux Dénisoviens et à nous

430 000 ans : âge de ces 28 individus dans la caverne Sima de los Huesos, en Espagne.

350 000 à 600 000 ans : période approximative de ce que les paléontologues appellent les «proto-Néandertaliens», à travers l’Eurasie.

200 à 250 000 ans : période approximative d’émergence de «l’homme de Néandertal».

100 000 ans : les Homo sapiens quittent l’Afrique

40 à 100 000 ans : informations fragmentaires sur une sous-espèce distincte, l’homme de Dénisova (ou Dénisovien) en Asie centrale.

60 à 100 000 ans : rencontres entre Néandertaliens et Homo sapiens. Nos gènes néandertaliens proviennent de cette période.

28 000 ans : derniers survivants de l’homme de Néandertal, près de Gibraltar

1997 : l’équipe de Svante Pääbo, de l’Institut Max-Planck en Allemagne, publie le premier séquençage préliminaire du génome d’un homme du Néandertal vieux de 40 000 ans. Un exploit pour un génome ancien, que l’on n’aurait pas cru possible une décennie plus tôt.

L’équipe affirme néanmoins que ce 0,1% est suffisant pour confirmer que ces individus, qui ont vécu dans le nord de l’Espagne, n’étaient pas encore tout à fait Néandertaliens... mais plus tout à fait quelque chose de plus ancien.

Ces ossements ont suscité bien des questions dès leur découverte dans les années 1990. Outre le fait que la caverne contenait les restes d’au moins 28 individus —une rareté— les crânes les mieux conservés partageaient des traits caractéristiques d’un Néandertalien et d’un hominidé plus ancien —ce qui serait logique, puisque les découvertes dans le reste de l’Europe n’y placent les Néandertaliens que 200 000 ans plus tard.

Mais en 2013, l’identification d’un fragment d’ADN mitochondrial avait complexifié le problème: cela donnait à ce groupe des traits génétiques communs avec un autre pré-humain, le Dénisovien, qui a non seulement vécu beaucoup plus tard, mais à plus de 6000 kilomètres de là, en Sibérie.

Ces 28 individus du nord de l’Espagne seraient donc à la fois pré-Néandertaliens et pré-Dénisoviens? C’est ce que tend à présent à confirmer l’équipe de Matthias Meyer, du Laboratoire Max-Planck d’anthropologie de l’évolution, dont l’analyse de ce génome très partiel est parue le 14 mars dans Nature.

Très partiel, parce que l’ADN se dégrade après seulement quelques milliers d’années. Rien que pour arriver à reconstituer cette petite séquence génétique, ces chercheurs ont comparé ce qui restait de séquences d’ADN chez cinq de ces individus. Et le niveau de contamination inhérent à une telle dégradation laisse une grosse marge d’incertitude.

Si leurs calculs sont exacts, cela place ce groupe plus près des Néandertaliens d’Europe que des Dénisoviens d’Asie. Mais surtout, ça fait reculer dans le temps le dernier ancêtre commun aux Homo sapiens, aux Néandertaliens et aux Dénisoviens, jusqu’à environ 765 000 ans: autrement dit, il y a 765 000 ans, un groupe de pré-humains aurait quitté l’Afrique et commencé un parcours distinct du groupe qui allait plus tard donner naissance aux Homo sapiens.

Lundi, les paléontologues n’avaient pas fini de lire la recherche que, déjà, ils étaient en train de spéculer sur la prochaine étape: cibler des fossiles humains vieux de 400 à 800 000 ans, dans l’espoir d’y trouver d’autres petits bouts d’ADN qui permettront de lever le voile sur ces tours et détours qu’ont accompli nos lointains cousins.

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Portrait de asp

[ Ajout 17 mars ] Une nouvelle recherche parue dans Science, portant cette fois sur nos gènes néandertaliens, révèle avec une plus grande précision le nombre de rencontres entre Homo sapiens et Néandertaliens il y a 40 à 60 000 ans: au moins trois si vous êtes de descendance asiatique, au moins deux si vous êtes de descendance sud-asiatique ou européenne, au moins une si vous êtes de descendance mélanésienne.