La déforestation représente une part plus faible des émissions mondiales par rapport aux années 1990. Cependant, les estimations des émissions dues à la déforestation, les incendies de forêt, et la dégradation des tourbières restent très controversées. La résilience de l'écosystème de la forêt amazonienne s'affaiblit avec le risque d'une perte de stockage du carbone et de changements dans le régime des précipitations et le débit du fleuve. Les effets de l'importante sécheresse de 2005 ont persisté plus longtemps que ne l'escomptaient les scientifiques, ce qui soulève des questions sur la capacité de la plus grande forêt tropicale au monde à faire face aux conséquences du changement climatique. Les taux de récolte dans les forêts tropicales dépassent actuellement la capacité des forêts à se régénérer. La perte des plus vieux arbres a des effets néfastes sur le climat, la biodiversité et l'écologie des forêts.