La Commission européenne a adopté, en 1990, trois directives qui ont fait depuis l'objet de modification et d'adptations et qui concernent le confinement des organismes génétiquement modifiés, leur dissémination volontaire et enfin la protection des travailleurs exposés à des agents biologiques. En décembre 1996, la Commission européenne a également pris la décision d'autoriser la commercialisation du maïs et du soja transgéniques, jugeant ces aliments sans risque pour la consommation. La France autorise donc, en novembre 1997, l'importation de maïs transgénique en provenance de la multinationales Novartis.
Pour donner satisfaction aux consommateurs, le Parlement européen a adopté le projet Novel Food, qui rend obligatoire l'étiquetage des aliments contenant des OGM ou des produits issus des OGM. Si une plante transgénique entre dans la composition d'un aliment, celui-ci doit recevoir une autorisation de mise sur le marché délivrée par la Commission européenne. Si un produit génétiquement modifié est autorisé, tout aliment contenant plus d'un certain pourcentage de ce produit doit faire l'objet d'un étiquetage spécial à l'intention des consommateurs ; de même, les fruits et les légumes transformés porteront le label "aliments génétiquement modifiés". Pour les libéraux cepedant, l'étiquetage passe pour être un protectionnisme déguisé.