Faits à retenir
- Depuis 20 ans, notre connaissance des populations de microbes qui vivent en nous s’est considérablement accrue
- Les tests d’analyse du microbiote que proposent des compagnies sont toutefois peu fiables  
- Ces tests sont aussi peu utiles pour diagnostiquer une maladie ou pour faire des recommandations

Les origines de la rumeur

Il y a une vingtaine d’années que la génétique étudie de plus près cette « population » de micro-organismes (bactéries, virus, parasites, champignons) et démontre qu’elle joue un rôle central dans la santé humaine. La plus grande partie est le microbiote intestinal, soit l’ensemble de ce qui vit dans notre colon et notre intestin grêle. Depuis une dizaine d’années, des compagnies offrent des kits pour l’analyser. 

Le microbiote peut affecter notre santé? Oui

Plusieurs études ont en effet montré une association entre des altérations du microbiote et la progression de certaines pathologies comme des troubles métaboliques, des allergies, des maladies inflammatoires de l’intestin, des troubles cognitifs et des cancers, résumaient en 2024 des chercheurs européens qui s’intéressaient aux enjeux entourant les tests du microbiote.

En fait, plus le microbiote est diversifié, plus il y a de bactéries différentes pouvant jouer des rôles utiles pour notre organisme, peut-on également lire dans un texte de l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), en France. Par exemple, certaines bactéries synthétisent de la dopamine et de la sérotonine, ce qui affecte l’humeur et le bien-être. Un déséquilibre du microbiote pourrait d’ailleurs influencer certaines maladies comme l’anxiété, la dépression, la maladie d’Alzheimer et la maladie de Parkinson.

Enfin, notre microbiote nous protège des infections par des bactéries nuisibles, notamment en produisant des molécules qui peuvent être utilisées par notre système immunitaire.

Une opportunité d’affaires? Peut-être

C’est donc dans ce contexte que, depuis une dizaine années, on a commencé à voir apparaître dans le commerce des kits de test du microbiote —avec lesquels on peut, par exemple, recueillir un échantillon de ses selles et le renvoyer à la compagnie. En 2021, une équipe de chercheurs de l’Université McGill avait analysé les sites web de plusieurs compagnies qui offraient ces services. Elles prétendaient que leur test permettait de produire des recommandations de santé personnalisées.

Au cours de sa recherche pour cet article, le Détecteur de rumeurs a identifié trois compagnies qui commercialisent de tels kits au Québec. Sur son site, Gutcheck explique que « ce kit de test du microbiome à domicile tout-en-un fournit tout ce dont vous avez besoin pour commencer et prendre votre santé en main ». Biron dit pour sa part proposer « des recommandations de suppléments et de prébiotiques ou probiotiques personnalisés en fonction de vos résultats pour améliorer votre flore intestinale ». Enfin, Jona se vante de pouvoir vous aider à décoder votre microbiote et à découvrir une santé optimale.

En 2024, des chercheurs de Baltimore avaient identifié 31 compagnies qui offraient ce genre de tests à travers le monde, dont 17 aux États-Unis. Les étapes sont généralement similaires: les consommateurs commandent d’abord un kit. Ils remplissent ensuite un questionnaire sur leur santé et prélèvent un échantillon de selles qu’ils retournent à la compagnie.

Celle-ci produit alors une analyse génétique pour établir la composition en bactéries du microbiote et envoie au consommateur un rapport qui prétend déterminer si son microbiote est en santé. Finalement, la compagnie peut recommander des modifications à l’alimentation ou la prise de suppléments.

Ces tests sont fiables? Non

Pour savoir si un tel test est fiable, il faut déterminer ce qu’on appelle sa validité analytique, c’est-à-dire sa capacité à détecter et à quantifier avec précision ce qu’il cherche à mesurer, soulignaient en 2024 les auteurs de Baltimore. Quelques études semblent indiquer que ce n’est pas le cas des tests du microbiote.

Par exemple, pour leur étude en 2024, les chercheurs européens avaient envoyé le même échantillon fécal à 6 compagnies. Les résultats étaient très variables. Trois des rapports qui leur ont été renvoyés affirmaient que la diversité microbienne de l’échantillon était bonne ou excellente alors que deux la décrivaient comme moyenne et que le dernier concluait à une diversité défavorable.  

En 2026, des scientifiques américains ont fait une expérience similaire auprès de sept compagnies. Ils ont observé que la variabilité pour un même échantillon était plus grande d’une compagnie à l’autre que la variabilité entre différents échantillons testés par une même compagnie.

Ces tests permettent de diagnostiquer une maladie? Non

De plus, pour que l’utilisation d’un tel test soit justifiée en médecine, il faudrait qu’il puisse établir précisément la présence d’une maladie, insistaient en 2024 les chercheurs de Baltimore. Or, à ce jour, il n’y a pas de consensus en biologie sur ce qui constitue un microbiote en santé. On ne dispose pas de suffisamment de données pour établir le seuil à partir duquel il y a un problème, confirmaient les auteurs européens.

Par conséquent, si notre compréhension du fonctionnement du microbiote est limitée, notre capacité à poser des diagnostics basés sur le microbiote l’est aussi, remarquait l’institut français Inserm. En fait, la plupart des associations entre la santé et le microbiote sont des corrélations plutôt que des liens de cause à effet.

Cela n’empêche toutefois pas les compagnies de produire des rapports qui insistent sur les associations entre la présence de certaines bactéries et des maladies. Dans leur étude, les auteurs de Baltimore concluaient que les allégations des compagnies n’étaient pas soutenues par la science. 

Des informations utiles? Pas vraiment

Enfin, à défaut de diagnostiquer une maladie, pour qu’un test soit considéré médicalement utile, l’information qu’il fournit devrait permettre de faire des recommandations —comme de suggérer un médicament ou un traitement— expliquaient les scientifiques de Baltimore.

Or, même s’il est vrai que la composition de notre microbiote est influencée par notre mode de vie (alimentation, activité physique, stress, prise de médicaments), il existe peu de données pour appuyer les interventions recommandées par ces compagnies. Aucune méthode reconnue ne permet de prédire les effets des recommandations alimentaires sur le microbiote, ajoutaient les chercheurs européens.

Verdict

Le microbiote joue bel et bien un rôle important pour notre santé. Mais les tests offerts aux consommateurs ne sont pas adéquats pour analyser ce rôle. Et les recommandations de santé qui les accompagnent ne sont généralement pas soutenues par des données solides.