Ce que c’est

La « médecine fonctionnelle » se définirait, selon le site de l’Institute for Functional Medicine (IFM) aux États-Unis, par l’inclusion de « thérapies intégratives » : c’est là un terme qui fait référence aux « médecines » dites alternatives, dans un effort pour mettre sur un pied d’égalité, d’une part les traitements médicaux validés par des expériences et des données probantes, et d’autre part les traitements qui n’ont pas été validés. 

Un étudiant en médecine peut se spécialiser en cardiologie, en oncologie ou en pédiatrie, mais il ne peut pas se spécialiser en « médecine fonctionnelle ».

L’IFM propose une « attestation », mais elle est ouverte aussi bien aux médecins qu’aux infirmières… ou aux naturopathes.

À Montréal, l’Institut répertorie 76 praticiens en médecine fonctionnelle :  des médecins et naturopathes, mais aussi des pharmaciens, des physiothérapeutes et des prestataires de médecine traditionnelle chinoise.

Le manuel scolaire de 1000 pages publié par l’Institute for Functional Medicine, appelé Textbook of Functional Medicine, débute par une clause de non-responsabilité : « ce livre n’est pas destiné à être utilisé comme manuel clinique pour recommander des traitements spécifiques à un patient donné ».

Ce que ça prétend être

Sur deux des plus importants sites web de cet écosystème, dont celui de l’IFM, on cite une recherche de 2019 qui aurait démontré que la médecine fonctionnelle améliorerait davantage la santé que la « médecine conventionnelle ». Toutefois, la recherche ne permet pas de conclure cela : les patients qui sont allés dans un centre de médecine familiale ont effectivement été comparés à ceux qui sont allés voir un praticien en médecine fonctionnelle… mais aussi un diététicien et un coach en santé. Le praticien leur a également accordé 60 à 75 minutes chacun, ce qui aurait été un facteur déterminant, peu importe le praticien.

Un des arguments promu par la médecine fonctionnelle est que la médecine « conventionnelle » ne traiterait que les symptômes, pas les causes profondes (root causes) des maladies. Or, c’est là une fausseté bien répandue dans les cercles dits de « médecine alternative » et de « bien-être » écrivait en 2025 la docteure en microbiologie et immunologie Andrea Love. Par exemple, la cause profonde du diabète de type 1 est la mort de cellules bêta du pancréas; celle de la variole, une infection par un virus spécifique, et celle de la phénylcétonurie, des mutations dans le gène PAH qui empêche une protéine dans le corps de métaboliser l’acide aminé phénylalanine. 

Par ailleurs, ce que la médecine fonctionnelle promet, ce sont des tests, en très grand nombre. « Cinq fois plus de tests que la plupart des examens de routine, » selon le site d’une des vedettes du domaine, l’Américain Mark Hyman. Le problème est que tout test est imparfait et que trop en faire, sur des gens qui ne sont pas à risque de maladie ou n’ont pas besoin de traitements, augmente les risques d’un faux positif —c’est-à-dire que le test indiquerait à tort la présence d'une anomalie ou d'une maladie, conduisant dès lors à des traitements inutiles.  

C’est pourquoi le dépistage du cancer se fait pour des âges spécifiques, et c’est pourquoi la campagne Choisir avec soin rappelle aux médecins de ne pas prescrire des tests à la légère, mais plutôt de considérer s’ils sont vraiment nécessaires et si leurs résultats seront informatifs.

Une des façons dont la médecine fonctionnelle arrive à un surcroît de tests est expliquée dans le chapitre 35 de son manuel. « En médecine fonctionnelle, le clinicien étudie souvent les résultats de tests de laboratoire, non seulement pour y détecter des changements pathologiques [voulant dire qu’ils indiquent la présence d’une maladie] mais aussi pour y évaluer des signes plus subtils d’un débalancement ou d’une dysfonction. » Cette philosophie encourage à regarder des résultats de tests sanguins ou urinaires avec l’attente qu’ils contiennent quelque chose de mauvais.

Le mythe de la détox

La médecine fonctionnelle intègre le mot « détox » à son vocabulaire —un concept basé sur une fausse prémisse, celle selon laquelle nos intestins « s’encrasseraient » et nécessiteraient pour cette raison un « nettoyage » régulier. 

« En ce début du 21e siècle, » lit-on dans le manuel, « alors que notre société est exposée de plus en plus à des toxines dans l’air, l’eau et la nourriture, » notre capacité à détoxifier « est d’une importance critique pour notre santé ».

Un jeûne à l’eau de deux jours est souvent recommandé —« ne consommer que de l’eau, de l’eau citronnée et des tisanes »— suivi d’une réintroduction lente de certains aliments. Et ensuite, viennent les suppléments alimentaires, très présents dans la médecine fonctionnelle.

Les futurs praticiens sont invités à donner à leurs patients des antioxydants pour « protéger leurs cellules »; des acides aminés pour faciliter la détox; des stimulants de sécrétion de la bile; des bactéries probiotiques; des molécules qui réparent la barrière intestinale; des vitamines et minéraux; des antiparasitaires; et des laxatifs. Les toxines, leur apprend-on, sont partout; le manuel contient même une section appelée « Une définition plus large de la détox », qui aide à identifier encore plus de problèmes.

L’Américain Mark Hyman, figure de proue du mouvement, vend environ 500 de ces suppléments alimentaires. Bien que le concept de médecine fonctionnelle soit né en 1990, et que l’Institute for Functional Medicine (IFM) ait été fondé par Susan et Jeffrey Bland en 1991, c’est Hyman qui en est par la suite devenu le visage le plus connu. C’est un diplômé en médecine de l’Université d’Ottawa, qui occupe aujourd’hui le poste de président des affaires cliniques de l’IFM.

Entre autres choses, l’IFM nous prévient contre les ondes électromagnétiques, comme les téléphones portables et la technologie Bluetooth, recommandant la vitamine C pour minimiser le tort supposé. De plus, la médecine fonctionnelle flirte avec le mouvement antivaccin : Hyman lui-même écrit qu’il est « pro-sûreté vaccinale » (une phrase souvent utilisée par les militants antivaccins) et que les « vaccins peuvent affecter les enfants susceptibles via plusieurs mécanismes », ce qui entraîne, selon lui, l’autisme.

Verdict 

La « médecine fonctionnelle » n’est pas une spécialité médicale, n’a pas fait la preuve de son efficacité, jongle avec des concepts douteux et propose une liste de tests étonnamment longue. 

Cet article est une adaptation du texte en anglais de Jonathan Jarry publié sur le site de l’Organisation pour la science et la société de l’Université McGill.