Pasteur était un fervent patriote et ne pardonnait pas aux Allemands d'avoir arraché à la France l'Alsace-Lorraine après la guerre de 1870. Pasteur retourna, en 1871, le doctorat honorifique qu'il avait reçu de l'Université de Bonn. Koch, qui était vingt ans plus jeune que Pasteur, avait servi dans l'armée allemande en tant que médecin, ce qui n'aidait pas. Pasteur, un fervent de la chimie appliquée n'avait pas la même approche que celle de Koch qui elle, était plus théorique. Mais surtout aucun des deux ne parlait le langage de l'autre ce qui rendait les communications difficiles.

L'intérêt de Louis Pasteur pour les maladies infectieuses découla naturellement de ses travaux démontrant que la «génération spontanée» n'existe pas si les germes sont exclus du médium étudié. Une observation impliquant que la présence de germes est la cause de contamination, et de maladie, et non la conséquence comme on le pensait. Cette découverte, en fin de compte changea complètement les pratiques médicales de l'époque avec l'introduction de la stérilisation et de l'asepsie.

À partir de 1860 Pasteur étendit son champ d'action pour étudier les liens qui existeraient entre différentes maladies infectieuses et certains microbes. C'est à cette occasion que son parcours croisa celui de Koch. En 1873 ce dernier, grâce des techniques de microscopie innovantes qu'il avait développées, avait observé des structures en forme de bâtonnets dans le sang de moutons qui étaient morts de la maladie du charbon (anthrax en anglais). Après avoir obtenu des cultures pures de bactérie bacillus anthracis, il les injecta dans des souris saines qui développèrent ensuite malade; la preuve de la relation de cause à effet entre la bactérie et la maladie fut ainsi établie.

Entre 1878 et 1880 Pasteur publia plusieurs articles sur la maladie du charbon en particulier sur le concept d'immunisation. Il démontra qu'il était possible de protéger des moutons de la maladie du charbon en les injectant avec des formes «atténuées» de la bactérie. Un concept développé cent ans plus tôt par Edward Jenner avec son «vaccin» contre la variole. Mais l'idée que l'on pouvait changer la nature d'une bactérie était complètement inacceptable pour Koch. En 1881 lui et ses étudiants publièrent plusieurs articles attaquant violemment Pasteur. Ils l'accusèrent d'avoir utilisé des cultures bactériennes impures et, n'étant pas médecin, d'avoir improprement inoculé les animaux. Entre autre ils y déclarèrent «…au sujet des causes de la maladie du charbon il y a peu de nouveau dans les travaux de Pasteur et ce qui est nouveau est erroné … on peut dire que jusqu'à présent les travaux de Pasteur sur la maladie du charbon ne valent absolument rien».

Pasteur répondit en détail aux critiques de Koch au 4ième Congrès international d'hygiène et de démographie qui s'est tenu à Genève en septembre 1882. Koch, auréolé de sa découverte récente du bacille de la tuberculose était au premier rang lorsque Pasteur présenta son discours sur l'atténuation des bactéries. La réaction de Koch fut particulièrement agressive mais cette fois il y avait une raison supplémentaire. Le professeur Lichtheim qui était assis à côté de Koch traduisait au fur et à mesure le discours de Pasteur. Dans son discours Pasteur avait décrit l'ensemble des travaux de Koch en les présentant comme un «recueil allemand». Ce que Lichtheim, ayant mal compris, avait traduit comme «orgueil allemand»!

Pasteur et Koch avaient deux visions différentes sur les moyens nécessaires pour protéger les populations des maladies infectieuses. Pour Koch cela passait par des mesures d'hygiène rigoureuses alors que Pasteur lui préconisait surtout la vaccination. Avec le recul du temps on peut voir que les deux scientifiques avaient raison. La vaccination a permis de contrôler de multiples maladies comme la variole et la polio; la situation avec l'épidémie d'Ébola qui fait rage en Afrique Occidentale souligne l'importance de l'hygiène…en attendant qu'un vaccin soit développé.