Certains ont pu espérer, suite à l'échec retentissant de l'idéologie néolibérale du laisser-faire, à un retour aux théories de Keynes et à l'interventionnisme d'État. Mais ce serait oublier que ce sont encore les grands commis du libéralisme économique qui tirent les ficelles politiques et que leurs recettes de sortie de crise (par exemple la baisse des impôts) tendent à réduire encore plus le rôle de l'État. Loin de favoriser un refinancement public de la recherche universitaire et une plus grande autonomie pour celle-ci, il se pourrait qu'on assiste à une plus forte instrumentalisation des institutions de haut savoir pour les besoins de relance des entreprises.
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C'est du moins la crainte qu'exprime la Fédération québécoise des professeures et professeurs d'université (FQPPU) dans une lettre au gouvernement québécois dont le journal Le Devoir du 6 janvier a fait état. La FQPPU demande aux libéraux de Jean Charest de «résister à la tentation de cristalliser des problèmes, voire d'en générer, en négligeant d'assurer un financement adéquat pour les universités et en leur imposant des pratiques de gouvernance allant à l'encontre de leur autonomie et des conditions nécessaires à l'accomplissement de leurs missions». Elle s'oppose à la réduction du rôle des universités à celui de pourvoyeur de savoirs utilitaires et d'outils de développement économique, ainsi qu'à la place croissante donnée aux représentants « externes » provenant de plus en plus du milieu des affaires.
La position de la FQPPU s'appuie, notamment, sur un rapport de recherche préparé par Amélie Descheneau-Guay et disponible sur le site Web du regroupement sous le titre Démystifier la gouvernance universitaire dans une « économie du savoir » : les discours de légitimation de la restructuration managériale de l’université.