Dresser notre arbre généalogique ne suffira plus : des généticiens sont de plus en plus nombreux à dresser l’arbre des ancêtres des virus qui vivent avec nous. Et on ne sait trop s’il faut s’inquiéter ou s’étonner d’y trouver des morceaux... du virus Ebola!

Pour être précis, le code génétique de ce qu’on appelle les rétrovirus composerait 8% de notre génome, selon ce qu’ont révélé le 29 juillet trois chercheurs de deux institutions américaines. Cela signifie qu’en plusieurs occasions, étalées sur 40 millions d’années, ces rétrovirus —ou leurs ancêtres— ont envahi nos lointains ancêtres... et y ont laissé des morceaux de leur propre bagage génétique.

Est-ce une bonne ou une mauvaise nouvelle? Cela fournit-il à notre système immunitaire un « savoir » pour combattre ces virus? Ou cela fait-il de nous des transporteurs involontaires de passagers dangereux? Probablement ni l’un ni l’autre, bien que les scientifiques semblent partagés là-dessus.

Dans le Scientific American, on rappelle que ces virus qui ont laissé des traces chez des vertébrés au cours des 40 derniers millions d’années, n’étaient pas ceux d’aujourd’hui et qu’en conséquence, quel que soit l’usage qu’ils aient pu avoir jadis, il n’est plus le même aujourd’hui. Dans Science toutefois, on souligne que si ces fragments d’ADN ont survécu avec une « étonnante similarité » à travers des dizaines de millions d’années d’évolution, et chez des dizaines d’espèces différentes —incluant l’écureuil, la chauve-souris et nous— c’est qu’ils doivent avoir une utilité.

En attendant, l’exploit du moment est plutôt d’avoir réussi à trouver la trace de tout ce petit monde. D’autres chercheurs avaient identifié il y a quelques années des traces de virus à ARN s’étant « intégrés » dans des insectes. Anna Skalka, virologue au Centre de recherche sur le cancer Fox Chase de Philadelphie, et deux collègues de l’Institut d’études avancées de l’Université Princeton, avaient donc décidé de voir ce qu’il en était chez une plus grosse prise, les vertébrés.

Ils ont dû pour cela passer en revue tous les génomes de vertébrés complétés à ce jour, soit 48, à la recherche de 5666 séquences virales de 38 familles connues de virus. Autrement dit, « tout ce qui était disponible », explique Skalka à la journaliste de Science.

Entretemps, en janvier dernier, une étude moins ambitieuse que la leur, parue dans Nature , révélait la présence de gènes de virus dans notre génome.

« C’est comme de faire de l’archéologie génomique », s’extasie le spécialiste des virus W. Ian Lipkin, interrogé par le Philadelphia Inquirer.

Arrivés à ce stade, ils n’étaient plus étonnés de trouver des séquences de virus dans le génome des vertébrés : c’était ce qu’ils cherchaient. La surprise fut toutefois de ne trouver que des séquences de deux familles de virus : les bornavirus, qui causent des problèmes neurologiques chez certains animaux, comme les chevaux, et les filovirus, la fameuse famille qui inclut le virus Ebola et le tout aussi dangereux virus Marburg. Pourquoi seulement ces deux familles? « C’est un mystère », concluent-ils. Leur étude est parue dans la revue électronique PLoS Pathogens.