Si on annonce qu’une quatrième forme de vie a peut-être été découverte, ça a de quoi laisser indifférente une bonne partie de la population... qui ne savait même pas qu’il y en avait trois. Les biologistes pourtant, trépignent d’impatience, et depuis un bout de temps.

L’un des auteurs de la dernière recherche en lice, conscient du risque d’être mal interprété, a décidé de passer outre à l’envoi d’un communiqué de presse par son université, et d’expliquer lui-même les détails sur son blogue. Le résultat est un texte plus aride et plus long que ne l’aurait été un communiqué de presse traditionnel, mais plus approprié pour mettre tous les bémols qui s’imposent : Non, nous n’affirmons pas avoir découvert une nouvelle forme de vie, oui, des indices pointent en ce sens, oui, on est conscient que ça pourrait être « juste » un virus.

Tout d’abord, que veut-on dire en parlant de « quatrième forme de vie » — ou, pour faire plus long, d’un « quatrième domaine dans l’arbre de la vie »?

Vous êtes un eucaryote

Toute forme de vie sur Terre appartient à l’une ou l’autre des trois branches suivantes : les bactéries, les eucaryotes (c’est nous) et les archées (des êtres à une seule cellule, comme les bactéries, mais distincts de celles-ci, et qui n’ont eu droit à leur propre « branche » qu’à la fin du 20e siècle). Dans leur article paru dans la revue en ligne PLOS One (revue dont toutes les recherches sont accessibles gratuitement) Jonathan Eisen, de l’Université de Californie et ses collègues suggèrent donc qu’ils pourraient avoir mis le doigt sur une quatrième branche.

Le bémol, c’est qu’il pourrait « simplement » s’agir d’un type de virus hors du commun — si tel est le cas, ce ne serait donc pas une forme de vie indépendante à proprement parler. Mais s’il s’agit d’autre chose, alors ce n’est clairement pas une bactérie non plus.

L’explication de Jonathan Eisen, pour laquelle il a tenu à contourner le communiqué de presse, est beaucoup moins alléchante :

Nous avons trouvé des formes très phylogénétiquement nouvelles de gènes marqueurs phylogénétiques dans des données métagénomiques.

Les biologistes ne seraient pas excités s’il n’y avait pas eu d’autres indices laissant croire qu’on était sur le point d’élargir l’arbre de la vie. En décembre, une équipe française de l’Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes l’Université de la Méditerranée à Marseille publiait, également dans PLOS One, un article où elle n’hésitait pas elle non plus à introduire dans son titre l’expression « quatrième domaine de la vie ». Or, ces chercheurs, sous la direction de Didier Raoult, travaillent sur des choses étranges, dont les premières observations ont moins de 20 ans, appelées, faute de mieux, des « virus géants ».

Ces virus géants ne sont pas seulement une centaine de fois plus gros qu’un virus normal, ils ont également un bagage de gènes anormalement gros pour un virus (il faut se rappeler qu’un virus ne « vit » que s’il infecte un autre organisme : il n’a donc pas besoin d’un ADN aussi complexe). Ce sont ces bizarreries qui poussent l’équipe française à suggérer (et ce n'est pas la première fois) que ces virus géants constituent une quatrième branche de la vie (l’illustration ci-haut, qui suggère ces quatre branches émanant d’un tronc commun, provient de cette équipe). [ Ajout, 30 avril: la même équipe française publie dans PLoS One le décodage du génome d'un de ces super-virus qu'elle affirme faire partie de cette 4e branche ]

L’équipe américaine va plus loin que l’équipe française, parce qu’elle a bénéficié d’une montagne de gènes nouveaux à analyser : l’héritage d’expéditions menées il y a sept ans sur le yacht du scientifique entrepreneur Craig Venter, au cours desquelles des litres d’eau de mer ont été récoltés dans le but d’analyser un maximum de gènes de microbes marins. Ces expéditions ont permis de récolter au passage des dizaines de millions de gènes. Et dans le lot, il y avait des séquences « très différentes » du reste.