Selon le documentaire allemand Le pacte avec le Panda - que cache le WWF?, l'association donnerait un peu trop facilement des certificats de développement durable à des entreprises douteuses et travaillerait avec des entreprises de génie génétique comme Monsanto. En Indonésie, par exemple le WWF fait des collectes pour l’orang-outan de Bornéo, espèce menacée. Sur place, l’équipe de télé allemande (ARD) ne trouve aucun projet de protection du WWF, en faveur des orang-outans. L’association coopèrerait, au contraire, avec une grosse entreprise qui détruit les dernières forêts de Bornéo pour mettre en place des plantations de palmiers à huile, ce qui est fatal aux orang-outans.