Une équipe d’une douzaine d’experts en microbiologie, génomique et immunologie, décrit ainsi les résultats d’une analyse de 2792 métagénomes : on utilisait il y a quelques années encore ce terme (ou « génétique environnementale ») pour désigner le contenu génétique récolté par exemple dans un lac ou un sol, dans le but d’avoir une idée plus globale de « l’écosystème » de bactéries et de virus qu’il abritait. Mais désormais, le terme « écosystème » peut aussi s’appliquer à notre bouche.

Sous la direction de Shenghui Li, du département de microbiologie de l’Université de médecine de Dalian, en Chine, ces chercheurs proposent donc la première base de données des virus buccaux: leurs 2792 « métagénomes buccaux » ont révélé des génomes de 48 425 virus. « Les comparaisons de la diversité virale et de l’abondance des différents habitats de la cavité buccale suggèrent une forte spécialisation des viromes de niche à l’intérieur des individus. » En termes clairs: il y a tellement de ces virus, avec tellement de fonctions spécialisées, qu’on n’a pas fini d’en entendre parler.

Il existe par ailleurs des travaux similaires qui ont été publiés ces trois dernières années sur les virus de nos intestins ou de notre peau, sur ceux du sang ou des poumons, ou sur ceux de nos matières fécales. Ces travaux et plusieurs autres s’inscrivent eux-mêmes dans un ensemble beaucoup plus vaste, depuis plus d’une décennie, sur le décodage du microbiome, ou l’ensemble des microbes qui cohabitent en nous —et qui, dans la majorité des cas, sont indispensables au bon fonctionnement de notre corps.

Photo: Lusb / Wikipedia Commons