On savait que l’analyse des eaux usées pouvait donner une bonne idée de la résurgence de la COVID dans une communauté. Voilà qu’en plus, elle semble capable de dire quel variant d’Omicron est en train de devenir dominant dans cette communauté.

On utilise la technique depuis deux ans pour suivre les hauts et les bas du coronavirus, particulièrement dans des pays où les tests de dépistage ne sont plus effectués de façon systématique. L’idée étant que si une personne a été contaminée par le virus, une analyse génétique pourra en révéler des traces dans ses selles. De sorte que si des milliers de personnes de plus que la veille sont contaminées en une seule journée, des échantillons d’eaux usées vont détecter une hausse du matériel génétique du virus dans l'eau. Cette « détection » ne va pas jusqu’à pouvoir dire combien de gens sont contaminés, mais on peut au moins observer que le virus se répand plus ou moins que lors de la collecte précédente.

Or, on serait vraisemblablement capable de dire aussi quel variant est en circulation, et ce, aussi bien qu’avec les tests PCR, selon des chercheurs de l’Université médicale de Vienne, en Autriche. Ceux-ci ont analysé des échantlllons d’eaux usées de 94 usines d’épuration alimentées par 59% de la population autrichienne, de décembre 2020 à février 2022 —leurs analyses sont même utilisées par les autorités autrichiennes depuis l’été 2021 pour un suivi de l'évolution du virus.

Pendant cette période, les données des eaux usées ont montré, tout comme les données des tests PCR, que la domination du variant delta s’était faite graduellement, tandis que l’Omicron, plus contagieux, n’avait eu besoin que de quelques semaines pour établir sa supériorité. La recherche est parue le 21 juillet dans Nature Biotechnology.

Dans les pays qui sont dotés d’un système efficace d’évacuation des eaux, un avantage de l’analyse des eaux usées est aussi qu’elle ne souffre d’aucun biais : tout le monde va éventuellement aux toilettes.