Bien que ces méthodes fournissent une mine de nouvelles informations sur la répartition des espèces, elles rencontrent des limites. La transcriptomique environnementale vient enrichir ce domaine et ses pratiques développées ces dernières années. À l'ADN environnemental s'ajoute désormais l'ARN environnemental comme champ d'investigation. À l'aide d'une technique, la PCR numérique, des équipes de recherche sont parvenues à détecter et à quantifier, avec précision, autant les fragments d'ARN que d'ADN, présents, à l'état de trace. C'est ce qui a été testé récemment dans un réservoir d'eau douce extérieur. Les résultats de cette nouvelle technique ne se sont pas fait attendre. L'analyse de l’ARNe de la puce d'eau Daphnia pulex a permis d'observer les effets d'un stress thermique chez cette espèce en constatant que 32 gènes s'étaient exprimés différemment. La nouvelle trousse d'outils moléculaires a même permis aux chercheurs de distinguer, dans leur analyse, les gènes de cette espèce de ceux de 8 taxons qui se sont exprimés différemment face à ce stress thermique. En tout, 121 gènes ont fait l'objet de ces modifications. Une autre étude a révélé que l'accès à l'ARN environnemental a permis de distinguer les stades de vie des populations d'amphibiens.

La thanatotranscriptomique, une boîte à outils supplémentaire pour l'étude des écosystèmes

La thanatotranscriptomique est une discipline tellement nouvelle à tel point que je n'ai pas vu encore le terme aussi bien en anglais qu'en français. Elle s'appuie sur l'étude du thanatotranscriptome. Le terme est apparu pour désigner l'étude "...des ARN issus de la transcription de la partie du génome encore active ou réveillée dans les organes internes d'un cadavre durant les 24 à 48 h qui suivent l'heure de la mort."^{1, 2.} Du coup, les analyses de l'ARN environnemental donnent accès à ce thanatotranscriptome et les informations qu'elles peuvent délivrer vont pouvoir indiquer quels individus de telle espèce viennent de mourir de telle sorte que les écologistes pourront suivre, en temps réel, l'évolution de la mortalité des individus d'un écosystème. À tout le moins, grâce à la maîtrise de ces nouvelles techniques, un nouveau protocole de recherche pourra leur indiquer rapidement si la mortalité augmente plus rapidement chez une espèce et révéler un problème écosystémique émergeant.