Si un nouveau variant qui semble surgir de nulle part a de quoi provoquer des inquiétudes et oblige à prendre des précautions, le Détecteur de rumeurs constate toutefois qu’il ne faut pas partir la machine à rumeurs trop vite.


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Cette page a été remise à jour jusqu'au 6 décembre.

 

1) Un « nouveau » variant? Pas si sûr

Le 23 novembre, les autorités sanitaires d’Afrique du Sud ont avisé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) qu’elles avaient détecté un nouveau variant du coronavirus. Baptisé d’abord « B.1.1.529 », puis de la lettre grecque Omicron, il a été décrété « préoccupant » par l’OMS le 26 novembre à cause d’une trentaine de mutations sur sa protéine S (celle qui facilite l’infection de nos cellules par le virus). C’est un chiffre qui le met dans une catégorie à part, puisqu’il représente plus du double des mutations du variant Delta, lui aussi classé l’été dernier parmi les « préoccupants » (en anglais, variant of concern).

Or, avec ce que la biologie a appris de l’évolution depuis Darwin, il est fort possible que cet « Omicron » ait eu, quelque part dans le monde, des « grands-parents » avec 29 mutations, ou 28, ou 27, qui ont échappé aux écrans radar. Et les premières analyses génétiques tendent dans cette direction: sur la plateforme NextStrain, qui recense les séquences génétiques de plus de 4000 échantillons du coronavirus depuis janvier 2020, cet Omicron, appelé aussi dans leur jargon « 21K » (en rouge ci-dessous), montre qu’il a comme plus proches parents « connus », des virus du milieu de 2020.

Coronavirus-Généalogie-Omicron

 

En d’autres termes, les échantillons d’Afrique du Sud, du Botswana et de Hong Kong dont les chercheurs ont analysé les gènes (en date de vendredi), révèlent effectivement faire partie d’une famille différente du virus, mais une famille qui s’est détachée des autres vers le mois de juin 2020. Et qui a donc circulé depuis un an et demi sans que des échantillons n’aient été récoltés pour analyses génétiques. En clair, cela signifie qu’Omicron a probablement circulé dans un ou des pays qui font peu de surveillance génétique —soit des pays autres que l’Afrique du Sud, puisque celui-ci a un système d’alerte réputé (Network for Genomic Surveillance in South Africa). Une autre hypothèse partagée par certains chercheurs est que le virus aurait provoqué chez une personne une infection chronique —autrement dit, il aurait évolué à l'intérieur d'un seul patient, peut-être immunosupprimé. Une troisième hypothèse, jusqu'ici peu évoquée, est qu'au printemps 2020, il aurait infecté un animal, et évolué dans une population animale avant d'infecter à nouveau, tout récemment, un humain. 

 

2) Omicron est plus transmissible? On ne sait pas

Si l’Afrique du Sud l’a repéré maintenant, c’est parce qu’il y a eu une soudaine explosion du nombre de cas dans la province de Gauteng, en seulement une semaine (de 200 nouveaux cas par jour à plus de 2000). Cela pourrait indiquer une très forte transmissibilité. Mais cela pourrait aussi être dû au faible taux de vaccination dans le pays, de seulement 24%. À titre de comparaison, plusieurs pays d’Europe avaient en novembre des poussées du nombre de cas plus élevées que l’Afrique du Sud, et les non-vaccinés étaient davantage en cause.

Dimanche, 28 novembre, l’OMS réitérait qu’il était encore trop tôt pour savoir si Omicron était plus transmissible que Delta. En même temps, aux Pays-Bas, 13 cas du nouveau variant étaient identifiés parmi 61 passagers testés positifs, à bord de deux avions rentrés d’Afrique du Sud le vendredi précédent. Le 1er décembre en fin de journée, Omicron avait été détecté chez au moins une personne dans 29 pays ou territoires. 

Et le 2 décembre, les premiers indices préliminaires laissaient croire qu'Omicron était en train de supplanter Delta dans beaucoup de provinces sud-africaines, trop vite pour que ce soit une simple coïncidence. Dans la toute première étude pré-publiée ce même jour, on commençait à évoquer un risque de réinfection plus élevé avec Omicron qu'avec le variant Delta: autrement dit, des infections chez des gens qui avaient déjà été infectés. L'analyse mathématique ne permet toutefois pas de savoir quelle est la proportion de cas graves, ni le statut vaccinal des gens infectés ou réinfectés. La prochaine indication en ce sens devrait venir des hôpitaux sud-africains: il y a normalement un délai de deux ou trois semaines entre une augmentation du nombre de cas et une augmentation significative du nombre d'hospitalisations. Un premier rapport sur les hôpitaux de la province de Gauteng, publié le 4 décembre, lui aussi très préliminaire (seulement 42 patients), note de façon encourageante que seul un petit nombre de ces patients a dû être admis aux soins intensifs.   

 

3) Omicron pourrait être résistant aux vaccins? Peu probable

Chaque variant qui, jusqu’ici, a hérité de l’étiquette « préoccupant » était porteur de caractéristiques inquiétantes. Les vaccins se sont révélés aussi efficaces, ou légèrement moins efficaces, mais jamais inefficaces. On se rappellera par exemple que le variant Beta, qui semblait avoir une plus grande capacité à tromper nos défenses immunitaires, s’est révélé avoir une faible transmissibilité.

 

4) Omicron provoque des cas plus graves? On ne sait pas

Réagissant, non sans impatience, à la tempête de spéculations, les autorités sud-africaines ont tenu à souligner vendredi que les patients observés jusqu’ici avaient tous des symptômes « légers ». En fin de semaine, des experts rétorquaient toutefois qu’il était possible que les premiers cas soient apparus chez des gens plus jeunes, donc moins à risque de subir des complications. Et selon les données du centre de surveillance des maladies sud-africain, le nombre d'hospitalisations a presque quadruplé en deux semaines (de 135 à 580) dans la province de Gauteng, là où est apparue l'éclosion. 

Des tests PCR classiques permettent de repérer rapidement une des mutations de la protéine S qui caractérise ce variant, de sorte qu’avec de nombreux pays à présent en état d’alerte, on va découvrir assez vite de nouveaux cas, ce qui va en retour donner assez vite une idée de son niveau de transmissibilité. Déjà, le 30 novembre, les Pays-Bas annonçaient avoir détecté le variant dans deux échantillons prélevés les 19 et 23 novembre, soit avant même qu'il n'ait été officiellement détecté en Afrique du Sud. Cela suggère que le virus était déjà présent en Europe, et qu'on risque d'en détecter d'autres dans des échantillons du virus prélevés ces dernières semaines. De la même façon, le 2 décembre, un patient du Minnesota qui avait été déclaré positif le 23 novembre, à son retour de New York, apprenait qu'il avait en fait été infecté par le variant Omicron. Et le 3 décembre, la Norvège avait le douteux honneur d'être en train d'observer le premier événement « super-propagateur » impliquant (en partie) Omicron: au moins 60 des 120 personnes à une fête le 26 novembre avaient depuis été testées positives, dont au moins 13 cas d'Omicron étaient confirmés le 4 décembre. On ne rapportait toutefois pas de percée inquiétante de cas graves. Le 5 décembre, le Danemark signalait à son tour un événement « super-propagateur ».  

 

Verdict provisoire 

Ce virus ayant réservé sa part de surprises depuis deux ans, il est normal de jouer la carte de la prudence, mais il est trop tôt pour s'alarmer. Les experts qui se sont prononcés là-dessus depuis jeudi parlent de délais de « deux à trois semaines » avant d'y voir plus clair. 

 

Ce texte a été mis à jour le 28 novembre avec des déclarations de l’OMS (dimanche) et d’experts (en fin de semaine); le 29 novembre avec les données d'hospitalisations; le 30 novembre avec la découverte aux Pays-Bas d'échantillons d'il y a deux semaines; le 1er décembre avec le nouveau total de pays touchés et avec les deux autres hypothèses sur l'évolution du variant; le 2 décembre avec les premiers indices et la première prépublication; le 4 décembre avec le rapport d'hospitalisations sud-africain et l'événement en Norvège; le 5 décembre avec le patient du Minnesota et l'événement en Norvège; le 6 décembre avec l'événement au Danemark.