Foldit fonctionne selon le principe du calcul distribué («distributed computing» en anglais). Le concept : répartir une tâche nécessitant un nombre colossal d’opérations mathématiques entre des milliers, voir des millions d’ordinateurs personnels via internet. Ainsi, Foldit permet à 60 000 usagers d’apporter leur contribution à un défi de taille auquel fait face la biologie moléculaire : déterminer la configuration 3-D des protéines.
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Cette idée de partage des tâches n’est pas nouvelle. Les créateurs de Foldit se sont directement inspirés de SETI@home (Search for Extra-terrestrial Intelligence), créé en 1999. Le but premier de ce projet était de détecter d’éventuelles transmissions radio extraterrestres. Les 1,7 million de participants au programme cherchent toujours…
David Baker, professeur de biochimie à l’Université de Washington et fondateur de Foldit a tout de suite perçu l’énorme potentiel que pourrait avoir le calcul distribué s’il était appliqué à la protéomique, cette science qui étudie les protéines. Ces petites molécules essentielles à la vie recèlent bien des secrets. Pour comprendre leurs fonctions, il faut connaître leurs formes, et c’est ce que permet de faire Foldit.
L’homme ou la machine?
Présenté sous la forme d’un jeu en ligne, le logiciel de David Baker mise sur l’aspect intuitif de l’intellect humain, ce qui n’était pas le cas avec Seti@home, où l’internaute n’avait qu’à laisser défiler un écran de veille sur son ordinateur. Par conséquent, Foldit privilégie des opérations qu’un ordinateur seul n’arriverait pas à mener à terme. Comme le souligne Aaron Sloman, chercheur étudiant l’intelligence artificielle à l’Université de Birmingham en Angleterre, «même si les ordinateurs sont très rapides et très précis pour effectuer certaines opérations, ils sont largement surpassés par le cerveau humain dans des tâches comme le traitement visuel, le raisonnement spatial et la résolution de problèmes.»
Cependant, pour certains chercheurs, calcul distribué et protéomique ne font pas bon ménage. Vijay Pande est l’un de ceux-là. Responsable d’un projet plus ancien appelé Folding@home —qui, lui, repose sur le principe de l’écran de veille— M. Pande estime que les joueurs en lignes ne pourront pas utiliser au maximum la liberté dont ils disposent avec Foldit. Il ajoute qu’il serait très surprenant que les résultats obtenus par notre espèce soient à la hauteur de nos homologues électroniques...
Qui l’emportera, de l’esprit humain ou des processeurs informatiques super performants, version 2008 ? Pour le savoir, il faudra attendre les résultats du «Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction» (CASP), une compétition de modelage protéique au cours de laquelle des équipes humaines se mesureront à des ordinateurs. Cet affrontement n’est pas sans rappeler le match d’échec disputé en 1997 entre le champion du monde Garry Kasparov et le superordinateur Deep Blue conçu par IBM. Rappelons que le champion humain avait perdu ce match historique...
David Massé
