Partant de là, à quoi bon échafauder moult hypothèses sur des systèmes de codage des gènes aujourd'hui disparus si nous n'avons aucune chance de les vérifier? Une possibilité s'offre peut-être à nous si des "fossiles moléculaires" se retrouvent à faire partie de la machinerie biologique des organismes vivants actuels. 

Si une évolution du code génétique a bel et bien eu lieu au point de l'avoir transformé radicalement, nous pouvons imaginer que ce processus s'est réalisé de façon graduelle et que, par le fait même, des éléments de certaines versions antérieures ont pu être conservés pour pouvoir être réutilisés. Ces éléments, ce sont les ARN de transfert (ARNt), ces molécules essentielles à l'appariement des triplets de nucléotides des acides nucléiques aux acides aminés. 

Nous savons qu'il existe de très nombreux acides aminés différents dans la nature, mais ce que nous savons aussi, c'est qu'en plus des 20 à 22 acides aminés standards issus directement de la traduction du code génétique des organismes, il en existe plus de 140 autres qui se retrouvent dans la constitution des protéines naturelles. Ces derniers seraient issus de la modification des acides aminés produits directement par la traduction du code génétique. On peut toutefois se demander s'ils ne pourraient pas tout aussi bien apparaître par l'intervention occasionnelle d'anciennes molécules d'ARN de transfert. Si de tels ARN de transfert pouvaient être isolés, les biologistes tiendraient là un indice probant d'un ou de plusieurs codes génétiques anciens, dont une partie aurait été conservée, voire recyclée. 

De fait, il est maintenant possible de synthétiser des ARN de transfert qui n'existent pas dans la nature. Certains de ces ARN de transfert modifiés peuvent d'ailleurs être utilisés pour corriger des anomalies génétiques responsables de maladies humaines. Il pourrait donc tout aussi bien en exister d'autres dans le monde du vivant. 

Rappelons également qu'une grande partie de l'ADN des organismes eucaryotes (les organismes dont les cellules possèdent un noyau) est dit non codant. Cet ADN non codant pourrait être issu d'anciennes versions de codes génétiques. 

Le rôle des micro-ARN

À cela s'ajoute un autre indice qui pourrait nous aiguiller vers l'existence d'ARN de transfert non conventionnels. Tout commence avec la découverte du phénomène d'interférence qui fait intervenir des molécules d'ARN. Des molécules d'ARN vont s'apparier à de l'ARN messager issu de la transcription de l'ADN pour bloquer sa traduction en acides aminés. Au début des années 2000, on découvre que ces longues molécules d'ARN interférent peuvent être découpées en courts segments de 21 à 25 paires de bases. Ce sont les micro-ARN. On les retrouve dans le règne végétal aussi bien que dans le règne animal. Ces petites portions d'acide ribonucléique sont, elles aussi, des ARN interférents. Leur découverte a mis au jour un mécanisme fondamental du contrôle de l'expression des gènes. 

Par ailleurs, rien n'oblige la biologie moléculaire à s'en tenir à des triplets pour la constitution d'un code génétique. En fait celui-ci pourrait faire intervenir un nombre quelconque de bases pour correspondre à chaque acide aminé. Parmi les ARN de transfert que la biologie a mis en évidence, on retrouve dans leur structure un codon et un acide aminé. Comme attendu, ces codons sont des triplets de nucléotides. Des ARN de transfert d'anciens codes génétiques pourraient éventuellement contenir bien plus de nucléotides pour leur codon. Si on imagine que ce nombre pourrait être un peu plus d'une vingtaine, alors on aurait là un autre rôle essentiel des micros-ARN interférents dans le contrôle de la traduction. On aurait surtout l'échafaudage d'un mécanisme qui permettrait la formation d'acides aminés qui ne sont pas produits par le code génétique standard et qui sont pourtant les constituants de diverses protéines, comme nous l'avons mentionné un peu plus haut. 

Advenant la découverte de tels ARN de transferts "fossiles", mais toujours fonctionnels, le monde de la biologie moléculaire passerait ainsi de la pure spéculation à la recherche pouvant conduire éventuellement à de nouvelles stratégies dans le domaine thérapeutique, car on pourrait s'imaginer que la traduction par le biais de ces molécules pourrait être défectueuse dans certains cas, et donc être source de certaines pathologies. En connaître la cause, ce serait faire le premier pas pour se donner les moyens de les corriger.