Les premiers scientifiques qui ont péniblement reconstitué les génomes d’humains ayant vécu il y a des milliers d’années, auraient eu de la difficulté à croire qu’à peine deux décennies plus tard, on en serait rendu à pouvoir étudier les gènes… des microbiomes de ces mêmes humains.

Cela permet d’observer de près l’évolution de notre microbiome, et du coup, l’impact qu’ont eu les changements récents dans notre alimentation. Cette étude, résume l’équipe de 28 chercheurs de quatre pays qui a publié ses résultats le 12 mai dans la revue Nature, pourrait aussi contribuer à l’identification « d’habitants » jusqu’ici inconnus de notre microbiome —littéralement, l’écosystème microbien qui vit en nous. De plus, cette recherche ouvre des perspectives nouvelles sur la récupération de tels gènes… dans nos selles.

Parce que c’est autour des selles de huit humains ayant vécu il y a 1000 à 2000 ans que cette recherche a été menée. Les chercheurs expliquent y avoir trouvé suffisamment d’ADN bien préservé pour pouvoir « reconstituer » des génomes de microbiomes « de qualité moyenne ou élevée ». Les humains en question ont vécu dans ce qui est aujourd’hui le sud-ouest des États-Unis et le nord du Mexique, et les génomes en question ont été comparés à des génomes de microbiomes intestinaux d’aujourd’hui.

Des études antérieures, rappellent les auteurs, avaient montré que notre alimentation moderne et notre mode de vie semblaient pouvoir être liés à « une moins grande diversité du microbiome intestinal ». Selon certains, on pourrait associer cette moins grande diversité à l’incidence plus élevée de maladies chroniques, comme l’obésité. C’est dans ce contexte que se situe cette recherche : « examiner notre microbiome intestinal ancestral pourrait fournir un aperçu des façons par lesquelles la symbiose entre l’humain et son microbiome a été altérée » dans le monde d’aujourd’hui.